外商投資企業審批程序較為嚴格和復雜。首先，外商投資項目要經過對項目建議書的審批（外資企業無此審批）、可行性研究報告的審批和合同、章程的審批三個步驟方才完成。
項目建議書的審批，由擬設立外商投資企業的中方向項目審批機關提交項目建議書和其他必要文件。經審批機關批準后，方可申請下一步的審批。項目建議書應包含合營中方基本情況、合營目的、合營外方基本情況、合營范圍和規模、投資總額、投資方式和資金來源、生產技術和主要設備、主要原材料、水、電、氣運輸等需要量和來源、人員的數量、構成和來源、經濟效益等主要內容。合營中方除向審批機關提交項目建議書外，還要根據項目的規模及特點向審批機關提交項目各方的合作意向書、外商資信情況調查表、審批機關要求提交的其他文件。
可行性研究報告的審批，項目建議書經審批機關批準后，由項目各方在項目建議書的基礎上，共同編制項目的可行性研究報告，報審批機關審批。生產性項目的可行性報告主要應包括基本概況、市場分析、建設條件、技術、設備和工程方案、環境保護、企業組織與人員培訓、投資估算及資金來源、財務評價及經濟效益分析等內容。

設立外商投資企業的申請經審批機關批準后，申請者應在收到批準證書之日起 30 日內，到登記主管機關申請辦理設立登記。登記主管機關自受理申請人設立登記全部文件、證件之日起 30 日內，做出核準登記或不予核準登記的決定，經核準登記的，按規定收取登記費后，頒發《中華人民共和國企業法人營業執照》，并由登記主管機關發布公告。營業執照簽發日期，即為外商投資企業的成立日期。外商投資企業申請設立登記時，應向登記機關提交由企業正、副董事長簽署的《外商投資企業申請登記表》、《名稱預先核準通知書》、項目建議書、可行性研究報告及其批準文件、合同、章程以及審批機關的批準文件及批準證書、投資者所在國家（地區）政府出具的合法開業證明、投資者的資信證明、董事會名單及董事會成員、正、副總經理的委派任職文件及上述人員的簡歷、身份證明、企業住所使用證明、登記機關要求提交的其他文件。