北京市密云區企業向發改委申請立項，首先要進行項目籌備。明確項目的基本情況，包括項目的名稱、性質、建設內容、投資規模等。

進行項目的前期調研和可行性分析，確保項目具有可行性和必要性。
準備申請材料，項目立項申請書包含項目概述、建設背景、建設內容、投資估算等。

可行性研究報告對項目的技術可行性、經濟合理性、環境影響等進行全面分析。

相關證明文件如企業營業執照、法定代表人身份證明、項目選址意見、土地預審意見（如有）等也需準備齊全。
登錄北京市密云區發改委指定的在線申報系統，填寫項目信息并上傳申請材料。發改委對提交的申請材料進行初步審查。如材料不齊全或不符合要求，會通知企業補充或修改。
對于部分項目，發改委可能會進行現場核查，了解項目的實際情況。組織專家對項目的可行性、技術方案等進行評審。
發改委根據初審、現場核查和專家評審的結果，進行綜合評估和審批決策。對審批通過的項目，下達立項批復文件。企業憑立項批復辦理后續的規劃、環保、施工許可等相關手續。