投資主體可能會被中止或停止實施境外投資并處以警告。對投資主體及有關責任人處以警告，構成犯罪的，依法追究刑事責任；

如果有提供融資、擔保的，依法依規處罰。金融企業為屬于核準、備案管理范圍，但為未取得核準文件或備案通知書的項目提供融資、擔保的，由國家發展改革委通報該違規行為并商請有關金融監管部門依法依規處罰該金融企業及有關責任人；

目前在實際操作中，影響大的是外匯進出受限。如果需要進行對外投資卻未按照要求進行備案或核準，投資資金將無法通過銀行順利匯出，無法完成投資工作。另外，如果境外公司的利潤分利等，也無法通過銀行渠道匯進；

如果境外子公司要返程投資回大陸，如果沒有辦理境外投資備案手續，也無法完成返程投資，海外上市或有架構設計需求的企業和個人尤其要重視；

無法享受國內政府相關補貼和獎勵，包括境外知識產權糾紛和“兩反一保”應訴補貼等。